水利部、广西壮族自治区、广东省，按照“政府主导、财政补贴、市场运作、流域与区域共赢”的原则，共同投资组建广西大藤峡水利枢纽开发有限责任公司，负责大藤峡水利枢纽的建设与运行管理。

公司现由五家股东构成，分别为广州华南水资源投资有限公司、广西投资集团有限公司、广西水利电业集团有限公司、广东水电二局股份有限公司、广东粤海资产经营有限公司，注册所在地位于广西南宁市。注册资本40亿元。